Testosteron sipionat biasanya digunakan untuk mengobati gejala hipogonadisme, suatu kondisi di mana testis tidak dapat memproduksi testosteron dalam jumlah yang cukup. Obat ini juga digunakan untuk mengobati hipogonadisme hipogonadotropik, yaitu versi hipogonadisme tingkat lanjut yang terjadi ketika hipotalamus atau kelenjar pituitari menjadi terlalu rusak sehingga tidak dapat mengirimkan sinyal ke testis untuk memproduksi testosteron. Karena kemampuannya untuk merangsang dan meningkatkan produksi testosteron, testosteron sipionat juga merupakan pilihan pengobatan yang efektif bagi pria berusia di atas 40 tahun yang menderita penurunan kadar testosteron.
Dengan menggunakan dosis testosteron cypionate untuk T rendah, pria dapat meningkatkan kadar testosteronnya ke standar optimal. Dan karena testosteron juga bertanggung jawab untuk pertumbuhan otot, banyak pria menggunakan dosis testosteron cypionate untuk membantu membangun otot tanpa lemak.
